1956年陈君石从北京医学院毕业后进入中央卫生研究院营养学系工作；1964年进入中国医学科学院药物研究所，就读药理学硕士研究生；1968年获得药理学硕士学位；1980年作为访问学者前往美国，先后在美国奥尔巴尼医学院毒理学系和康奈尔大学营养科学系进修；1981年回到中国后，在中国预防医科院营养与食品卫生研究所工作；1984年获得施瓦茨国际奖；2002年进入中国疾病预防控制中心营养与食品安全所工作；2003年被授予伦敦都市大学生命科学荣誉博士；2005年当选中国工程院院士；2007年代表中国政府担任食品添加剂法典委员会主席；2009年出任第一届国家食品安全风险评估专家委员会主任委员；2010年担任国家食品安全标准审评委员会副主任，兼技术总师；2011年担任国家食品安全风险评估中心研究员、科技总顾问；2014年担任国务院食品安全委员会专家委员会副主任；2016年获得中国标准创新贡献奖终身成就奖。
担任《Biomedical and Environmental Sciences》执行主编、《卫生研究》主编、《中华预防医学杂志》主编、《Nutrition and Cancer》和《International Journal of Cancer》等杂志编委。
陈君石的研究领域为：食品安全风险评估与风险交流；食品毒理学；膳食、营养与慢性非传染性疾病的流行病学研究；食物强化；总膳食研究。